Die Bahnverbindung ins Fricktal verläuft von Basel SBB gemeinsam mit der Ergolztalbahn bis Pratteln und zweigt dort ab als doppelspurige Strecke über Rheinfelden (CH) und Stein-Säckingen nach Frick. Ihre Nutzung ist geprägt durch den deutlich überwiegenden Anteil an Güterzügen. Diese verkehren über Frick hinaus Richtung Zürich oder Gotthard (NEAT Nord-Süd-Achse), oder werden ab Stein-Säckingen über die Einspurstrecke Richtung Koblenz–Eglisau geführt.
Um die Anzahl der Züge auf der Strecke zu steigern, wurden bereits verschiedene signaltechnische Massnahmen ausgeschöpft. Jedoch kann die S-Bahn heute nach wie vor nur zweimal stündlich verkehren; mehr lässt die Kapazität der Strecke nicht zu. Auf den Abschnitten Stein-Säckingen – Frick und Stein-Säckingen – Laufenburg (CH) ist derzeit für die S-Bahn sogar nur ein Stundentakt möglich.
Um im Fricktal mehr Platz auf der Schiene zu schaffen, welcher insbesondere auch zusätzlichen S-Bahnen zugute kommt, wird der Abschnitt von Pratteln bis Rheinfelden (CH) ausgebaut: Die Bahnanlage wird dort so hergerichtet, dass sich einerseits die Züge aus dem Ergolz- und dem Fricktal nicht mehr gegenseitig den Weg abschneiden können (Nr. 3), und andererseits unterschiedlich schnelle Züge im Fricktal nicht aufeinander auffahren (Nr. 24).
Der Kanton Aargau prüft Massnahmen, damit die S-Bahn zwischen Stein-Säckingen und Laufenburg (CH) im Halbstundentakt verkehren kann. Nach einem kantonalen Parlamentsentscheid wird das beschlossene Angebot ins trinationale Angebotskonzept aufgenommen.
Mit dem Anschluss des Fricktals an das Herzstück der trinationalen S-Bahn Basel (Nr. 25) können die S-Bahnen aus dem Fricktal über Basel SBB hinaus verlängert werden und weitere Haltestellen im Basler Stadtzentrum, an der Wiesentalbahn sowie Richtung EuroAirport bedienen.