Die Bahnstrecke von Delémont nach Basel SBB ist aufgrund der topographischen Verhältnisse sehr kurvenreich und grösstenteils einspurig. Neben dem einzigen doppelspurigen Abschnitt zwischen Aesch und Basel SBB können sich die Züge nur an einer Handvoll Ausweichstellen begegnen. Folglich ist die Streckenkapazität stark eingeschränkt und mit dem heutigen Angebot bereits ausgereizt.
Ein weiterer Engpass besteht bei der Ein- und Ausfahrt des Bahnhofs Basel SBB: Dort müssen die S-Bahn- und Fernverkehrszüge von und nach dem Laufen- und Ergolztal mit genügend zeitlichem Puffer aneinander vorbeigeschleust werden, da sie in beide Fahrtrichtungen über dieselben Gleise und Weichen fahren. Darüber hinaus ist die Anlage beim Bahnhof Basel SBB heute so ausgelegt, dass auch alle Güterzüge von/nach Frankreich die Laufentalstrecke kreuzen müssen. Aufgrund dieser sogenannten «Fahrstrassenkonflikte» ist die Verbindung zwischen der Laufentalstrecke und dem Bahnhof Basel SBB stark eingeschränkt.
Für eine Erhöhung der Kapazität und den geplanten Angebotsausbau im Laufental werden verschiedene Infrastrukturmassnahmen umgesetzt:
Ein zusätzlicher Doppelspurabschnitt zwischen Grellingen und Duggingen (Nr. 8) schafft Raum für zusätzliche Fern- und Güterverkehrszüge im Laufental. Ein zusätzliches Gleis im Bahnhof Aesch (Nr. 7) ist zudem die Basis für die Einführung des Viertelstundentaktes für die S-Bahn zwischen Aesch und Basel SBB. Dank der neuen S-Bahn Haltestelle Dornach Apfelsee (Nr. 14) werden die Entwicklungsgebiete Widen/Birsmatt optimal an den öffentlichen Verkehr angebunden.
Die zusätzlichen Personenzüge überwinden den Engpass beim Bahnhof Basel SBB in einem ersten Schritt dank einer punktuellen Anpassung der vorhandenen Gleisanlagen (Nr. 5). Eine umfassendere Beseitigung des Flaschenhalses ermöglicht hingegen erst der Anschluss an das Herzstück der trinationalen S-Bahn (Nr. 25).